Seeker – prostorová transkriptomika

Souprava pro prostorové mapování celého transkriptomu

Se Seeker whole transcriptome je možné prostorové mapování čerstvě zmrazených tkání s rozlišením 10 μm. Řezy tkáně se umístí na Seeker destičku, kde jsou těsně zabalené, prostorově indexované kuličky, které indexují tkáň a zajišťují zachování prostorové informace. Polyadenylovaná mRNA je zachycena a hybridizována na prostorově indexovaných kuličkách před reverzní transkripcí. Po disociaci kuliček a digesci tkáně následuje syntéza cDNA a příprava knihovny NGS. Sekvenační data jsou později analyzována pomocí bioinformatické pipeline The Seeker a lze generovat mapy prostorové genové exprese.

Hlavní vlastnosti:

Vstup: čerstvě zmražený řez tkání
Nabízí se ve velikostech dlaždic 3 x 3 mm nebo 10 x 10 mm bez ztráty rozlišení.
Rozlišení 10 μm
Kompatibilní s eukaryotickými organismy
8hodinový pracovní postup bez potřeby specializovaných zařízení nebo mikroskopie
Analýza jakékoli polyadenylované RNA
Nutné použíst společně s DNA Nextera® XT kit pro vytvoření knihovny kompatibilní s Illumina

DOSTUPNÉ FORMÁTY:

Seeker™ 3x3 Bundle V1.1

Barkodovací povrch: 3X3 mm
Zahrnuje hybridizaci RNA, syntézu cDNA a amplifikaci cDNA.
Množství postačující pro čárové kódování 8 preparátů
Je nutné zakoupit sadu Seeker™ Dual Indexing Primer Kit V2.

Seeker™ 10x10 Bundle V1.1

Barkodovací povrch: 10X10 mm
Zahrnuje hybridizaci RNA, syntézu cDNA a amplifikaci cDNA.
Množství postačující pro čárové kódování 8 sklíček.
Nutné zakoupit sadu Seeker™ Dual Indexing Primer Kit V2 a adaptér reakční komory Seeker™.

Seeker™ Dual Indexing Primer Kit V2

Duální indexovací primery potřebné pro přípravu knihovny
Množství až pro 40 destiček Seeker o rozměrech 3 mm x 3 mm nebo pět destiček Seeker o rozměrech 10 mm x 10 mm.

Adaptér reakční komory Seeker™